В "Люди в черном 3" агент Джей сталкивается с катастрофической новостью: Земля под угрозой уничтожения, так как защитный галактический щит никогда не был построен. Причина этому — убийство его напарника, агента Кея, в далеком 1969 году. Чтобы исправить прошлое и спасти человечество, Джей отправляется в захватывающее путешествие во времени. Встречая молодого Кея, он пытается предотвратить преступление и раскрыть тайны, связывающие их судьбы. Охота начинается за безжалостным инопланетным преступником Борисом Животным, чьи действия могут навсегда изменить будущее планеты. Захватывающий сюжет разворачивается на фоне комических ситуаций, мастерски вплетенных в динамичное повествование о дружбе, долге и времени.